El topónimo o nombre de Hérmedes parece provenir de los ermitaños mozárabes que dejaron su arte en este lugar pues en un documento de la catedral de Burgos se citaba a la localidad como “San Juan de Heremitas” y que se añadía sorprendentemente lo de “Cerrato”, anexo localizador del S XIX, por lo que será el lugar de los ermitas o eremitas del Cerrato.
Asimismo en el S XI el obispo burgalés Jimeno cedía al Alfonso VI varios monasterios de este comarca y luego traspasados a la orden de San Benito(cluny) orden que destacó por su acoso a los mozárabes repobladores del S X fundándose la abadía de Hérmedes.
En esta época permanecía levantada la localidad de San Sebastián también donada a la orden clunicense.
Ya en el S XIV tanto Hérmedes como San Sebastián eran lugares de abadengo, uno dependiente del abad de Hérmedes y el otro del Husillos.
A mediados del S XVIII Hérmedes era villa del señorío de Pérez Carrasquedo abad de la villa y contaba con 34 vecinos. Ya en 1785 era villa realenga y con alcalde ordinario.
Durante la guerra de la Independencia Hérmedes fue saqueada por las tropas francesas, seguía siendo villa de realengo del partido del Cerrato, contaba con 99 vecinos para bajar a 88 a mediados de este S XIX.
La iglesia parroquial de Hérmedes dedicada a San Juan Bautista es de construcción moderna y lógicamente no conserva ninguna pieza del verdadero interés artístico.
El antiguo y ya desaparecido templo de San Juan Bautista de Hérmedes fue construido en el S XVIII era de transición románico ojival y acaso levantado sobre los cimientos de otra iglesia anterior que bien pudo ser visigótica o mozárabe.
Por su parte la ermita de la Virgen de la Era que originalmente fue mozárabe y levantada en el S X se halla en la actualidad muy reformada y dispone de una sola nave que se cubre con cubierta plana, conservando solo estilo mozárabe en la cabecera adornada con un bello arco triunfal de herradura que a su vez se apoya sobre impalas de baquetones. A tales restos se encuentra reunido un capitel mozárabe, más adelante usado como pila bautismal, capitel del S X conserva además esta ermita una escultura de la Virgen con el niño del S XVI.